Sesuai Peraturan Bupati Fakfak nomor 42 tahun 2016 tentang kedudukan, susunan organisasi, tugas dan fungsi serta tata kerja Sekretariat Daerah Kabupaten Fakfak, Pasal 2 menyebutkan bahwa Sekretariat Daerah merupakan unsur penunjang yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati Fakfak. Selanjutnya pada pasal 3 menyebutkan bahwa Organisasi Sekretariat Daerah dipimpin oleh Sekretaris, Sekretaris dimaksud pada pasal 3, membawahkan :
STAF AHLI
- Staf ahli bidang Pemerintahan, Hukum dan Politik;
- Staf ahli bidang Ekonomi, Keuangan dan Pembangunan;
- Staf ahli bidang Kemasyarakatan dan Sumber Daya Manusia.
- Asisten I (Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat)
Bagian Pemerintahan dan Otonomi Daerah
Bagian Kesejahteraan Rakyat, Pemberdayaan Masyarakat dan Trantibum Linmas
Bagian Hukum
- Asisten II (Asisten Perekonomian dan Administrasi Pembangunan)
Bagian Perekonomian dan Sumber Daya Alam
Bagian Administrasi Pembangunan dan Infrastruktur
Bagian Pengadaan Barang dan Jasa
- Asisten III (Asisten Administrasi Umum)
Bagian Umum
Bagian Organisasi
Bagian Hubungan Masyarakat dan Protokol
Bagian Tata Usaha Pimpinan
